1944年1月14日，经过激烈争论，斯大林亲自审查并同意朱可夫有关“水星行动”作战计划的设想，对中亚作战第一阶段夺回撒马尔罕、杜尚别、比什凯克、塔什干等重要城市、并将德军中亚集群关进费尔干纳盆地的作战结果感到满意，更让他满意的是朱可夫先前发来的电报，电报以朱可夫深切“检讨”的方式，印证了斯大林同志一直以来对民族内部矛盾处理的高瞻远瞩和英明正确，提高了后者威望。在政治局会议上，斯大林难得有了几分笑容，非但没借此批评朱可夫当初的幼稚，反而认为他在政治上愈发成熟了，希望他在军事上也能再次力挽狂澜。
为表示信任，斯大林亲自主持最高统帅部会议并通过方案。他还根据朱可夫的请求，将马利诺夫斯基的独立集团军也归入中亚特别方面军建制，同时又咬牙从南线三个方面军中各抽调1个相对精锐的近卫坦克旅加强该独立集团军。此外，最高统帅部抽调最精锐的空降兵第1、3、5旅共1万余人组成空降军，由苏军空降兵副司令员扎捷瓦欣少将任军长，军司令部也由空降兵司令部抽人组成，纳入中央方面军序列并归朱可夫直接指挥，要求2周内部署到阿斯特拉罕附近。
由于从撒马尔罕出发前往里海东岸的路程超过1200公里，中间大部分都是戈壁，再加基层政权已被破坏、为数不多的民众也逃亡殆尽，红军基本不可能就地筹措补给，为减轻中亚方面军物资供应压力，最高统帅部还将目前所能搜集到的所有运输机都抽调出来用于给向西前进、拥有40余万之众的进攻集群提供紧急物资补给。幸亏苏军机械化程度远不如德军，最仰仗的还是骡马，否则根本不可能实现远距离调度。
实际上，在中亚作战进攻完全不是难事，难的是物资补给，切尔尼号霍夫斯基审时度势，认为这么大的范围、这么远的距离让部队快速展开是不可能的，精心抽调3个骑兵师、3个坦克旅和2个机械化军组成10万人的突前攻击部队加速进军，要求2月5日前必须部署到位，其余部队则根据战术部署向前略微推进。由于民众缺失，一路毫无踪迹，如此庞大的军队调动一时间还未被德军所掌握。等朱可夫几天后回到中亚时，他对两人各方面工作都表示满意。
红军血洗中亚民族政权的消息很快就由舍尔纳报告给了东方联合战区统帅曼施坦因元帅，后者对中亚政权一直不太感冒，再加上天寒地冻、中亚集群又被堵死在费尔干纳盆地里，便建议等天气好转再想办法。他本以为霍夫曼会对该决定不满，不过坚持认为现在这个气候和时节里，等待才是最佳办法，甚至做好了抗命的准备。但柏林发来的指示令人出乎意料，批示内容只有一句话：政治问题不要和军事问题混为一谈。
这句话里蕴含的意思让人很是费心思考了一番，曼施坦因认为自己把握住了元首的心态：中亚民族政权独立后各种不老实，再加上彼此相互对立、“有枪便是草头王”，乱象纷呈、秩序崩坏，必须有一次整肃过程。让德军来下这个手显然不是很合适，现在既然斯大林愿意出手，那就让他洗吧，只要费尔干纳盆地里不乱就好。
事实上盆地由于分属三国，一直都不存在统一的地方独立政权，同样也是彼此攻讦，但舍尔纳可不管这些，进入盆地后立即用铁血手段严格控制了场面，甚至还建立起一整套统治体系，当地民众普遍认为德军给他们带来了渴望已久的秩序和安定，整个盆地不但成为地理上的绿洲，也因为源源不断有人前来投奔而变成了心理上的绿洲。
1月18日，完成相应请示的朱可夫再次返回塔什干坐镇，亲自指挥整个水星战役，调兵遣将准备大干一场。这一天正好也是角田觉治带领二航战出发赴中太平洋进行“武藏破交”的同一天，他的舰队不但得到了全新整治的瑞鹤号航母，而且还得到了新的、拥有折叠翼的Bf-219C战斗机和其他全新舰载机。
德方根据一线部队的请求和纽芬兰战役中的实际使用情况，决定将Do-412（紫电改）正式列入舰上战斗机、Ju-198（流星改）正式列入舰上攻击机，日本也依据技术合作备忘录得到了相关信息和技术资料，但拿到实货还要等不少时间，既然日方表示5月份才能出击，一切都还完全来得及。
在过去半个月里，新任海军枢密使，兼任军令部总长和联合舰队司令长官两大要职、实际控制整个海军的堀悌吉以天皇诏书为原则、以海军枢密令的方式展开了轰轰烈烈、前所未有的海军大改革：
他第一把火就烧向了1886年就开始实施，已存在半个多世纪的《镇守府条例》，一口气撤销了横须贺、吴、佐世保、舞鹤四大镇守府（舞鹤镇守府曾在1923年降格为要港部，1939年恢复，实力最弱），全新组建了帝国海军本土战区，各镇守府长官随即全部下岗。随后，原舰队派骨干、第二舰队提督近藤信竹大将出任本土战区司令长官，宇垣缠担任参谋长，其他岗位在4大镇守府中筛选合适官员进行出任。
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